El municipio de Zuera consta en la actualidad de varios núcleos urbanos: Zuera, la Entidad Local de Ontinar del Salz, el Barrio del Portazgo (también conocido como Barrio de la Estación) y las urbanizaciones de Las Lomas del Gállego y Las Galias.

Según algunas tesis históricas, el municipio tuvo algún tipo de asentamiento, difícil de precisar, antes de la colonización romana; se integraría dentro del territorio de los ilergetes y podría haber estado poblado por vascitanos. Era una región fronteriza con el territorio dominado por los vascones, que se extendían a lo largo de una franja de norte a sur que iba desde el Pirineo hasta el Ebro y estaba limitada a ambos lados por el territorio de Iruña (actual Pamplona) y la cuenca del Arba, y por otro por la cuenca del Gállego, amparada por bosques espesos, de los que solo quedan los que se conocen por Montes de Zuera.

Esta proximidad al territorio vascón, y la penetración que estos pudieran llevar a cabo en el territorio de los ilergetes, ha llevado a algunos autores a decir que el nombre de Zuera tiene una base etimológica vasca en el término "zubi", que en Euskera significa puente.

Las primeras noticias fiables acerca de los pobladores del término proceden de la época de la romanización. Casi todos los investigadores sitúan en las cercanías del actual casco urbano la antigua Gallicum, "mansio" (mencionada en el "Itinerarium Antoninianum") en la calzada romana que discurría desde Cesaraugusta hasta el Bearn, pasando por Osca y remontando el Puerto del Palo (Aragón Subordán). La denominación de Gallicum, para el asentamiento romano del lugar, podría venir determinada por el cauce del río Gállego, considerado paso obligado desde las Galias a la Hispania Citerior. Estas mansiones eran puntos intermedios en los que el Estado romano disponía de lugares de descanso y relevo de animales o postas.

Aun cuando el paso más cómodo del río Gállego se realiza por el término de Zuera, el lugar no es fácilmente defendible, por lo que dificulta el establecimiento de asentamientos estables. Todo parece indicar que hasta que se creó una estabilidad política en el norte de la Península Ibérica, los asentamientos en el municipio de Zuera debieron corresponder a pequeñas posadas y destacamentos militares, de escasa importancia y poco estables, que se encargaban de defender el paso del Gállego.

La estabilidad política llegó con la dominación musulmana, a partir del siglo VIII. Los pobladores del norte de África debieron quedar fascinados por el valle del Gállego, los excelentes terrenos de las terrazas cuaternarias y los espesos bosques que rodeaban al valle, en donde se asentaron aprovechando los esquemas de expansión territorial creada por los romanos. De esta época datan las primeras noticias y los auténticos orígenes de Zuera, de la antigua Zufaria, topónimo árabe que, según Asín y Palacios significa "bonita". Dentro del actual término municipal es posible que los musulmanes fundaran también el asentamiento de Salzey (llamado así por la gran cantidad de saliceras que había en el entorno) situado en las proximidades de la actual ermita del Salz.

En 1106 el rey de Aragón y Navarra, Alfonso Sánchez, conocido como Alfonso I El Batallador, se detuvo en Ejea y Tauste en sus intentos de conquistar la ciudad de Zaragoza. Plantó sus reales en el Ebro y se asentó en el Castellar, en espera de mejores ocasiones de conquista. Con la ayuda de los Gascones, Gastón de Bearn y Céntulo de Bigorre, decidió en 1118 un cambio en su estrategia militar y procedió a conquistar Zaragoza, atacando por el flanco oriental. Tal planteamiento dio resultado y tras conquistar toda la cuenca del Gállego, y con ella Zuera, procedió a la de Zaragoza. Fueron los gascones quienes introdujeron en Zuera el culto a San Licer, evangelizador del Bearn y patrón de la villa, aunque la tradición dice que este acontecimiento se produjo en 1212.

A pesar de las conquistas de los reyes cristianos, el elemento campesino musulmán, gran conocedor de los sistemas de riego y pilar fundamental de la economía de las zonas conquistadas, permaneció al frente de sus tierras.

Ramón Berenguer IV, en su carta de Colonización, señala el término de la ciudad de Zuera, a la que llama "Çofera". En torno al siglo XII se introduce el culto a la Virgen del Salz, que según las crónicas se apareció a un caballero de una de alguna de las órdenes militares de la época.

La villa perteneció, entre otros, a D. Artal de Luna, que castigó cruelmente a los vecinos porque los zufarienses habían llegado hasta Erla y cometido atrocidades con los que allí vivían. Los vecinos de Zuera le acusaron al Justicia de Aragón y este le impuso una sanción.

Tras el episodio de Artal de Luna, la Villa y sus aldeas (Leciñena y San Mateo) volvieron a la Corona. Así en 1338 el Zalmedina (cargo público de la época) y jurados de Zuera, reunidos en el cementerio (que rodeaba a la iglesia), nombraban a sus procuradores generales para todos los pleitos que el Concejo hubiera de sostener con terceros, recayendo el nombramiento en Guillén de Salz, García de Araniellya, Domingo de Araniellya y Juan de Tolosa.

En 1366, el rey Pedro IV, obligado por los gastos de la guerra contra Pedro I de Castilla (gastos que le hicieron vender también otras villas y lugares como el Castellar, Fuentes, Luna .), vendió la villa de Zuera y sus aldeas al Concejo de Zaragoza, con todas sus posesiones, tributos y derechos, en 170.000 sueldos jaqueses. Alfonso V, por la misma causa, vendió a Zaragoza, en 1432, el "Ius luendi" o derecho de redención y carta de gracia de Zuera, por 8.000 florines. Con todo ello, Zaragoza quedó dueña absoluta de la Villa y baronía, recibiendo el vasallaje de la Villa de Zuera y sus aldeas, que en aquellos días percibía uno de los cinco peajes que pagaban las mercancías que se transportaban por la ruta de Zaragoza a Francia.

Muy a su disgusto, la Villa de Zuera y sus aldeas pertenecieron a Zaragoza hasta 1617 e incluso con posterioridad mantienen algún tipo de relación.

Durante los siglos XV, XVI y XVII, la población del municipio estaba totalmente asentada. En el censo de población de 1459, Zuera cuenta con 152 fuegos. Durante el siglo XVI la población de Zuera continua creciendo. En el censo demográfico de 1610 cuenta con 250 fuegos.

Jordán de Asso señala que a finales del siglo XVIII, Zuera contaba a las márgenes del Gállego con una "dilatada vega de 3.000 cahizadas regables, y otras 1.000 en el monte. Este es mui dilatado, y vestido de romerales, de que se alimentan muchos abejares, que producen la miel más estimada de Aragón. La cosecha de cera se regula en 125 arrobas, a que corresponden en año bueno 500 de miel". Estas actividades económicas agrícolas y las comerciales, motivadas por el tránsito constante de mercancías en la dirección Norte-Sur y procedentes de Cinco Villas, permitían un asentamiento fácil en la zona.

Jordán de Asso cuantifica la producción agraria zufariense, poco antes de 1800, de esta manera: 3.250 cahíces de trigo, 2.000 de cebada, 500 de maíz, 200 de alubia y 95 alqueces de vino (un cahíz estaba en torno a los 180 litros. El alquez, sobre los 190).

Pascual Madoz, entre 1846 y 1850, recoge de Zuera que "tiene 280 casas distribuidas en 5 calles anchas y rectas; casa de ayuntamiento, en la que también está la cárcel; escuela de primeras letras, dotada con 2.800 reales, a la que concurren 40 discípulos". "Dentro de la Villa y en calle llamada de Navas hubo un hospicio de religiosos franciscanos." "En su término hay un edificio que fue convento, llamado de los Santos, donde antes de la exclaustración de los religiosos en 1835 existía una comunidad de la orden de Agustinos Descalzos". "En la partida denominada Bacarizal hay una ermita o santuario llamado del Salz, de la propiedad de la misma Villa y sostenido por sus vecinos". " En su extenso radio comprende varias torres o granjas, denominadas de Morterón, de Vallés, de la Camarera y de Rabal y un magnífico y antiquísimo edificio llamado la Cruz Cubierta, por hallarse sobre un pilón o columna de arena sólida de 16 palmos de alto, cubierta con una bóveda que forman 6 columnas y otros tantos arcos con buenas labores". "Población: 284 vecinos, 1.350 almas".

La ubicación geográfica de Zuera, su proximidad a la ciudad de Zaragoza y lo dilatado del término municipal han condicionado el desarrollo histórico de la Villa desde sus inicios hasta hoy. Los asentamientos urbanos del municipio de Zuera están ubicados justo en la ribera del Gállego, siguiendo un eje longitudinal por el que circulan (continuando los esquemas de transporte y comunicación establecidos por los romanos) la nacional 123, el ferrocarril Madrid - Barcelona y Zaragoza - Francia, y las líneas eléctricas de alta tensión.

El tránsito ha sido la constante histórica del municipio. En 1900 contaba con 2.597 habitantes. En la actualidad la población asciende a 5.560 personas.